但经过云门事件后，老和尚的身体常常不好，他说：「人家是三天命有两天病，我却是三天命有六天病。」老和尚日夜无法安眠，但一切都顺应自然，并不以为苦。

     1959年，虚云老和尚一百二十岁。海内外的弟子要为大师祝寿，但被大师劝阻了。因为他心里仍然挂念著云居寺的明月湖还没有修浚好，海会塔才建到一半。这时大师已患了慢性消化不良的症候，早晚只能吃一小碗稀饭。大师告诉信众，真如寺建好了就不要再捐献了。四月，大师在曾经住过的牛棚照像，又选了一张最满意的加洗后分送捐助功德的亲友和信众。

     八月，老和尚在寮房门口贴上「今天不见客」的字条。十月，病渐渐重了，时喘时咳，虽然已进入昏迷状态，仍然要自己料理自己的事。十二月，大家看情况不好，都赶来向老和尚问安。老和尚很平静地说：「到了现在你们还在做俗态，快去大殿给我念佛去吧！」

     寺里方丈弟子请虚云老和尚开示，老和尚缓缓地说：「勤修戒定慧，熄灭贪嗔痴。」停了一下又说：「正念正心，养出大无畏的精神，度人度世。大家辛苦了，早早去休息吧！」

 十月十三日，老和尚打坐，双颊微红。大师合掌跟大家说声珍重，就离开了活了一百二十岁的尘世，死后安葬在云居山的海会寺。

     虚云老和尚一生一衲、一杖、一笠、一钟行遍天下，由自度而度人。老和尚的一生正像他常说的：「人生如梦，一切皆幻；空中飞鸟，有何踪迹可寻？况学道人耶？」虽然老和尚这样说，但他的一生留给人间的，不只是他兴建的那些看得见的寺院道场，还有永远让人难忘的救人救世、护法护教的精神。