诸经论中，对于三毒五盖的对治方法多有阐述，大致说来，可归纳如下：

1.以不净观、布施行对治贪欲。

2.以慈悲观、忍辱行对治嗔恚。

3.以因缘观、智慧行对治愚痴。

4.以无常观、持戒行对治惛眠。

5.以数息观、禅定行对治掉悔。

6.以坚信三宝对治疑惑。